Изначально управление называлось Штабом гражданской обороны. Оно появилось 1 июля 1989 года по директивам МО СССР. Его первым руководителем стал капитан II ранга Анатолий Красиков. Штаб был частью областного штаба ГО.

Рост числа техногенных аварий, природных катастроф и военных угроз привел к созданию Единой государственной системы предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций (РСЧС) в 1990-х годах. В 1997 году городской штаб ГО был реорганизован в управление по делам ГО и ЧС. Это управление стало самостоятельным органом, отвечающим за защиту населения и территорий от ЧС. Оно входило в структуру Главного управления по делам ГО и ЧС Курской области. Здесь служили военные, финансируемые федеральным бюджетом, и гражданские специалисты, оплачиваемые областным бюджетом.

4 июня 2001 года была создана Аварийно-спасательная служба города, которая занималась ликвидацией ЧС. В 2006 году она стала аварийно-спасательным формированием и вошла в состав муниципального учреждения «Управление по делам ГО и ЧС при администрации города Курска».

В 2003 году управление по делам ГО и ЧС Курска стало самостоятельным юридическим лицом. Военные и мобилизационные вопросы оставались в ведении Главного управления. С января 2005 года управление полностью финансировалось из муниципального бюджета.

В мае 2005 года для координации дежурных служб и оперативного реагирования на ЧС была создана Единая дежурно-диспетчерская служба (ЕДДС). С введением единого номера «112» в 2005 году, ЕДДС начала реагировать на чрезвычайные ситуации в топливно-энергетическом и жилищно-коммунальном секторах города.

Создание единой системы предупреждения и ликвидации ЧС позволило объединить усилия органов управления, предприятий и учреждений, повысив эффективность и оперативность реагирования.